Объяснить будет трудно, но попытаюсь. Жми на P (режим работы с полигонами)
Затем укажи мышкой сектор с водой и нажми Shift+ПКМ. Должен выделиться полигон для воды.
Открой Tools Info, настрой выделенный полигон:
В закладке Polygon добавь флаг TransParent;
В закладке Textures Blend меняй на Shade.
Тоже самое проделываешь с внутренней стороны.
Можно добавить больше эффектов в водной области, если нанести второй слой текстуры в виде бликов воды
Туман.
Делать туман можно тоже быстро...
Установи Fog Marker над уровнем воды, нажми левой кнопкой мыши по земле (мир должен выделиться целиком). В WorldBase Найди пункт "Fog 0". Настрой None на Fog marker.
Для регулирования уровня тумана попробуй Fog Marker потаскать вверх или вниз над уровнем воды. Чтобы таскать FogMarker и другие элементы в редакторе, выдели объект, удерживай Левый Ctrl и левой кнопкой мыши таскай FogMarker.
Вроде бы всё